استفاده از هیدروگرافی در صنایع نظامی بسیار ضروری برای مقابله با دشمن است. بیشترین استفاده از هیدروگرافی در صنایع نظامی مربوط به بخش دریایی و زیر دریایی نیز می باشد. یکی از ابزار های حیاتی در برنامه ریزی های نظامی هیدروگرافی به حساب می آید. از ویژگی های استفاده از هیدروگرافی در نظام شناسایی راحت اجسام زیر آبی  و زیر دریایی ها ی باشد. در ادامه به بررسی سایر کاربرد های هیدرگرافی خواهیم پرداخت.

ارزیابی و مانیتورینگ ساختارهای زیر آبی: هیدروگرافی به صورت تصویربرداری زیر آبی استفاده می‌شود تا از ساختارهای مهم نظامی مانند کشتی‌های نظامی، سکوهای نفتی، پلتفرم‌های دریایی و غیره، نقشه‌ها و تصاویر دقیقی به دست آورده و وضعیت آنها را ارزیابی کند. این کاربرد در تعمیر و نگهداری ساختارهای نظامی بسیار مهم است.

جستجو و نجات دریایی: هیدروگرافی در فرآیندهای جستجو و نجات دریایی به عنوان ابزاری برای پیدا کردن و مکان‌یابی سرنشینان یا تجهیزات آسیب دیده استفاده می‌شود. این تکنولوژی می‌تواند در شرایط آب و هوایی و دریایی دشوار به نجات افراد کمک کند.

پایش تغییرات محیطی: هیدروگرافی در پایش و بررسی تغییرات محیطی در مناطق دریایی و اقیانوسی نیز استفاده می‌شود. این شامل اندازه‌گیری تغییرات دما، شوری، و دیگر شرایط آب و هوایی می‌شود که می‌تواند بر برنامه‌ریزی عملیات نظامی تأثیرگذار باشد.

پشتیبانی از عملیات نظامی: هیدروگرافی به فرماندهان نظامی کمک می‌کند تا در عملیات‌های خود با کاهش خطرات ناشی از محیط‌های زیر آبی و دریایی دقیق‌تر و مطمئن‌تر عمل کنند.